Le fermentazioni indesiderate riducono il valore nutrizionale del mangime e l'appetibilità della razione alimentare
I foraggi alla raccolta contengono una serie di microrganismi benefici, come i batteri lattici, e altri indesiderati, come clostridi, lieviti o muffe. La proliferazione dei microrganismi negli insilati porta inizialmente al consumo dell'ossigeno intrappolato nell'insilato, in quella che viene definita fase aerobica. Una volta consumato tutto l'ossigeno, la crescita dei batteri che in assenza di ossigeno formano il lattato comporterà l’acidificazione della massa (con diminuzione del pH < 4 per l’insilato di mais), nella cosiddetta fase anaerobica. Questa acidificazione si tradurrà nella stabilità dell'insilato.
Se l'equilibrio tra i microrganismi benefici e quelli indesiderati è sbilanciato, oppure se la quantità di ossigeno dopo la raccolta è troppo alta, questo processo di acidificazione sarà inevitabilmente rallentato. Ciò creerà condizioni favorevoli alla crescita di lieviti, batteri coliformi, clostridi e muffe. La crescita di questi microrganismi patogeni si traduce in un cattivo odore e una ridotta appetibilità dell'insilato. Ciò porterà in definitiva ad una riduzione del valore nutrizionale e, allo stesso tempo, dell'appetibilità della razione alimentare. Una fase aerobica ideale non dovrà infatti durare più di 3-5 giorni.
La contaminazione dei raccolti con i microrganismi si verifica già sul campo, ma può avvenire anche prima e durante la raccolta. La proliferazione può avvenire dopo l'insilamento, dopo l'apertura dell'insilato (principalmente sul fronte di taglio) o nell’unifeed una volta che l'insilato viene miscelato nella razione alimentare.