Fermentácia znižuje kŕmnu hodnotu a chutnosť mliečnej dávky
Čerstvé krmivo obsahuje mikróby, ako sú baktérie, kvasinky a plesne. Je to zmes prospešných mikróbov, ako sú baktérie tvoriace kyselinu mliečnu, a nežiaducich mikróbov, ako sú klostrídie alebo plesne. Rozmnožovanie mikróbov v silážach spočiatku vedie k spotrebe kyslíka zachyteného v siláži. Keď sa spotrebuje všetok kyslík, rast anaeróbnych baktérií tvoriacich laktát znižuje pH siláže. Toto okyslenie má za následok stabilitu siláže.
Ak sa naruší rovnováha medzi prospešnými a nežiaducimi mikróbmi alebo ak je množstvo kyslíka po zbere príliš vysoké, tento proces okysľovania sa spomalí. Tým sa vytvoria priaznivé podmienky pre rast kvasiniek, koliformných baktérií, klostrídií a plesní. Tieto plesne sa niekedy dajú rozpoznať vizuálnou kontrolou. Rast týchto nepriaznivých mikróbov má za následok nepríjemný zápach a zníženú chutnosť siláže. To v konečnom dôsledku vedie k zníženej výživovej hodnote a chutnosti mliečnej dávky.
Ku kontaminácii plodín mikroorganizmami dochádza už na poli, ale aj pred zberom a počas neho. K rozmnoženiu môže dôjsť buď po silážovaní, po otvorení siláže (hlavne na reznej hrane) alebo v TMR po primiešaní siláže do mliečnej kŕmnej dávky.